Фамилия Бондарко происходит от прозвища Бондар — так на юго-западе России, в Белоруссии и на Украине называли ремесленника, который делал бочки, кадки и другую деревянную посуду. В северных и центральных областях того же мастера чаще звали бондарём, а в Сибири — бочаром. Прозвище Бондар, таким образом, относится к «профессиональным» именованиям, напрямую указывающим на род занятий предка.

Словообразовательная модель фамилии — типично западнорусская и украинская: к основе Бондар- добавили суффикс -ко. В белорусской и украинской традиции этот суффикс часто выполнял роль уменьшительности или указывал на принадлежность к роду (буквально «маленький Бондарь» или «сын Бондаря»). Со временем прозвище Бондар, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его в повседневной жизни и в официальных документах, закрепившись за потомками.

Самая известная ветвь носителей фамилии — научная. Александр Владимирович Бондарко (род. 1930) — российский лингвист, доктор филологических наук, профессор, член-корреспондент РАН. Ему принадлежат многочисленные труды по русскому языку, аспектологии, славистике и теории грамматики. Бондарко является одним из главных создателей так называемой функциональной грамматики — подхода, где языковые единицы изучаются не сами по себе, а через их работу в речи. В его работах последовательно развивается идея о том, что грамматические категории (например, вид глагола или падеж) нужно описывать, отталкиваясь от того, какие смыслы они передают.

В отличие от фамилий Бондарев или Бондаренко, где суффиксы -ев и -енко распространены повсеместно, форма на -ко встречается реже и чётко привязана к западным и юго-западным землям бывшей Российской империи. Если предки Бондарко были крестьянами, то, скорее всего, они жили на территории современной Белоруссии или Правобережной Украины. Среди казацкой старшины Гетманщины фамилии на -ко тоже встречались, но судить о сословной принадлежности только по окончанию нельзя — в тех краях бондарное ремесло было делом уважаемым, но не дворянским.