Фамилия Бонденков — редкий случай, где суффикс почти полностью перетягивает на себя внимание. На первый взгляд перед нами типичная отчество на -ов: Бонденко + -ов, то есть сын Бонденка. Но само имя или прозвище Бонденко в славянской традиции нестандартно.

Здесь стоит присмотреться к корню «бонд-». В русских говорах слово «бонда» или «бондарь» (от немецкого Böttcher — бочар) обозначало мастера, делающего бочки, кадки и другую деревянную посуду. Однако фамилия Бондаренко — одна из самых частых на юге и востоке Украины, а Бонденков — её более редкая, возможно, русифицированная форма. Если исходное прозвище Бонденко — это уменьшительное от Бондарь (с чередованием -ар-/-ен-), то фамилия означает «потомок молодого бондаря» или «сын Бонденка». Но есть и другая версия.

Второй возможный источник — некалендарное имя Бонда, которое могло быть производным от глагола «бондать» (в некоторых диалектах — стучать, бить, или же наоборот, быть крепким, плотным). В таком случае Бонденко — это «маленький Бонда», а Бонденков — его сын. Третья, менее вероятная гипотеза — связь с топонимом: например, село Бондари или Бонденки, но такие названия сами восходят к тому же ремеслу.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, но встречается крайне редко. В дореволюционных списках она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или о том, что она возникла в среде однодворцев или крестьян, чьи фамилии нередко менялись при переписях. Сейчас носителей Бонденковых можно встретить в центральной России, но численно это единицы.

Словообразовательная модель проста, но необычна: суффикс -енк- в основе (Бонденко) характерен для украинской ономастики, а затем русский суффикс -ов превратил её в типичную великорусскую фамилию. Это говорит о том, что предок мог быть выходцем с Украины или из южнорусских земель, а его потомки обрусели и сменили окончание фамилии на более привычное для северных регионов.