Фамилия Бондя — редкий пример, где на первый план выходит не суффикс, а сама основа, которая звучит не по-русски. В большинстве русских фамилий на -а ударение падает на окончание (Бонда́, Бонды́рев), но здесь оно на корне — Бо́ндя. Это сразу указывает на иную природу: фамилия могла прийти в русский язык из польского, украинского или белорусского ареала.

Самая прямая версия — происхождение от польского или западно-украинского слова «bonda» или «bondia», что означало «бочка» или «кадка». В этом случае Бондя — это прозвище бондаря, то есть мастера по изготовлению бочек. В восточнославянских языках для этого ремесла чаще использовали слово «бондарь», откуда пошли массовые фамилии Бондаренко, Бондарев, Бондарчук. Форма Бондя могла закрепиться в тех регионах, где говорили на говорах с редукцией конечных гласных или где польское влияние было сильнее — например, на Волыни, в Подляшье или в Галиции.

Вторая, менее очевидная гипотеза — связь с личным именем. В некоторых польских документах XVI–XVII веков встречается уменьшительная форма Бондя от имени Бонифаций или Бенедикт (через народное Бонда, Бондзь). Тогда фамилия — это не прозвище по ремеслу, а патроним: сын Бонди. Такой путь образования типичен для фамилий на -я в польской традиции, где суффикс -я выполнял роль уменьшительно-ласкательного.

В русских переписных книгах фамилия не фиксируется вплоть до XIX века. Это говорит о её позднем или локальном бытовании. Скорее всего, носители фамилии Бондя — выходцы из западных губерний Российской империи, где польский и украинский языки смешивались с русским. В советское время фамилия могла «обрусевать»: часть носителей меняла окончание на -ев или -ов, чтобы избавиться от нетипичного звучания, но кто-то сохранил исходную форму.

По суффиксу фамилия нестандартна: у неё нет ни -ов/-ев, ни -ин, ни -ский. Это так называемая «окаменевшая» форма прозвища, которая не менялась при переходе в фамилию. В ономастике такие случаи называют фамилиями-прозвищами в чистом виде. Их мало, и они особенно ценны для историков языка, потому что сохраняют живую речь прошлого без грамматических наростов.

Если ваш предок носил фамилию Бондя, он с высокой вероятностью был либо бондарем (бочкарем) в западнорусских или польских землях, либо потомком человека, которого в быту звали ласково Бондя — от редкого католического имени. Обе версии ведут в одну сторону: на запад от Москвы, в регионы, где ремесленные прозвища и польская антропонимика переплетались особенно тесно.