Фамилия Бондяев образована от прозвища Бондя, которое восходит к аналогичному диалектному слову. Бондей в старину называли пузатого, полного человека. Согласно этому, такое прозвище указывало на внешние особенности человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бондя, со временем получил фамилию Бондяев.