Фамилия Бондякшев — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, тюркское прозвище, которое закрепилось в русской среде. Она образована по стандартной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ев, который присоединяют к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае — к основе Бондякш.

Самое вероятное объяснение корня — от тюркского слова «бондак» или «бундук» (варианты произношения: «бондюк», «бендюк»). В тюркских языках, в частности в татарском и башкирском, это слово означало «толстяк», «пузан», «неповоротливый человек». Прозвище Бондяк или Бондякша могли дать человеку за его полноту или медлительность. Суффикс -ша в тюркских именах и прозвищах часто служил уменьшительно-ласкательным или уничижительным оттенком, то есть Бондякша — это «толстячок», «пузатик». Фамилия Бондякшев, таким образом, буквально означает «сын Бондякши» или «потомок того, кого звали Толстяком».

Вторая, менее распространённая версия, связывает основу с тюркским «бондюк» (или «бендюк») — видом ореха (лещина, фундук). В этом случае прозвище могло относиться к человеку с круглым, как орех, лицом или же к тому, кто торговал орехами. Однако эта версия слабее: прозвища от названий орехов встречаются реже, чем от внешних признаков. Притягивать сюда значение «бунт» или «бунтарь» (от тюркского «бунт» — «мятеж») не стоит — это случайное созвучие, не подтверждённое ономастическими данными.

Географически фамилия Бондякшев почти наверняка восходит к регионам, где русские долго и плотно соседствовали с тюркскими народами: Поволжье, Приуралье, южные степи. Носители фамилии — это потомки либо крещёных татар, либо русских крестьян, перенявших тюркское прозвище у соседей. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не встречается за пределами Казанской, Симбирской, Самарской и Оренбургской губерний.

Словообразовательная модель здесь проста, но показательна: тюркская основа + русский патронимический суффикс. Это типичный пример «гибридной» фамилии, которая маркирует не столько профессию или характер предка, сколько культурный и языковой контакт двух миров. В современных справочниках фамилия считается редкой — по данным открытых телефонных книг, её носителей в России не более нескольких сотен человек, и большинство сосредоточено в Татарстане и соседних областях.