По одной из них, фамилия восходит к итальянскому слову «bona», которое на русский язык переводится как «пышная красавица, красотка». Возможно также, что эта фамилия имеет тюркское происхождение и восходит к слову «boniyaq», т.е. «белая шея». В этом случае родоначальником мог быть половецкий хан Боняк, который воевал с Русью и Византией. В1096 году он разорил окрестности Киева, участвовал в междоусобицах русских князей. В 1107 и 1167 Боняк был разбит русскими войсками. Не исключено, что фамилия Боня ведет свое начало от мусульманского женского имени Бони, которое в переводе с таджикского означает «охрана, уход». На юго-западе острова Целебеса, у Бонийского залива есть государство Бони. Поэтому предок обладателя фамилии Боня мог быть выходцем с этих земель. Менее вероятной представляется этимологическая связь фамилии с украинским словом «бони» - «ценная монета, вышедшая из употребления, но ставшая предметом коллекционирования».