Фамилия Боня — редкий случай, когда у фамилии нет единой, общепринятой версии происхождения, и каждая из гипотез ведёт в совершенно разные эпохи и культуры. Самая распространённая версия возводит её к итальянскому слову «bona» — «пышная красавица, красотка». Однако эта гипотеза, хоть и красивая, скорее всего, вторична: прозвище по такому признаку могло закрепиться за человеком, но массового перехода итальянских слов в русские фамилии не было.

Гораздо глубже и исторически весомее версия о тюркском происхождении. Она связывает фамилию со словом «boniyaq» — «белая шея». В этом случае родоначальником мог быть не просто человек с такой внешностью, а половецкий хан Боняк. Личность историческая и яркая: в 1096 году он разорил окрестности Киева, активно участвовал в междоусобицах русских князей, а в 1107 и 1167 годах был разбит русскими войсками. Имя половецкого хана могло стать прозвищем для воина или служилого человека, а затем закрепиться как фамилия. Эта версия выглядит правдоподобнее итальянской, так как учитывает реальные контакты славян со степными народами.

Есть и восточный след. Не исключено, что фамилия Боня восходит к мусульманскому женскому имени Бони, которое с таджикского переводится как «охрана, уход». Это объясняло бы происхождение фамилии в семьях, где чтили тюркские или персидские традиции. Кроме того, на юго-западе острова Целебес, у Бонийского залива, существует государство Бони. Предок обладателя фамилии мог быть выходцем с этих земель, что делает фамилию не просто прозвищем, а указанием на географическое происхождение.

Менее вероятной, но всё же упоминаемой, является этимологическая связь с украинским словом «бони» — «ценная монета, вышедшая из употребления, но ставшая предметом коллекционирования». Эта гипотеза слабая: прозвище «Боня» в значении «монета» или «коллекционер» маловероятно для крестьянской или служилой среды, где фамилии в основном и складывались.

Таким образом, у фамилии Боня нет одного корня. Скорее всего, в разных семьях она возникла независимо: где-то — от половецкого хана, где-то — от таджикского имени, а где-то — от внешности или прозвища. Итальянская версия, хоть и популярна в интернете, — самая поздняя и наименее обоснованная.