Фамилия Борбакова — женская форма мужской фамилии Борбаков. Её основа восходит к прозвищу или имени Борбак, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Борбака».

Корень «борб-» — самый спорный и интересный элемент. Наиболее вероятно, что он тюркского происхождения. В тюркских языках (например, в казахском, киргизском, татарском) «борба» или «борбак» может означать «крепкий», «сильный», «упрямый» или «драчун». Сравните с казахским словом «борбай» — коренастый, плотный человек. Прозвище Борбак могли дать человеку с таким характером или телосложением. Версия о связи с монгольским «бор» (серый) и тюркским «бак» (смотри) — натянута и не подкреплена устойчивыми ономастическими параллелями.

Регионально фамилия Борбаковы встречается в основном на юге России, в Поволжье и в Сибири — в местах, где исторически были сильны тюркские влияния и смешанное население. Носители фамилии нередко имеют корни среди астраханских, оренбургских или сибирских татар, а также среди башкир и казахов, перешедших в русское сословие. Встречается она и у калмыков, что даёт ещё одну версию: от калмыцкого «бор» (серый) и «бак» (пятно) — прозвище по масти скота или цвету волос.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же редкими тюркскими основами, как Борбаев, Борбашев, Борбатов. Суффикс -ак в исходном прозвище (Борбак) характерен для тюркских уменьшительных или характеризующих форм. В русской адаптации он превратился в фамилию на -ов, что окончательно закрепило её в патронимической системе.

Сословно Борбаковы чаще всего были крестьянами или казаками, но точных данных о дворянстве этой фамилии нет. В документах XVIII–XIX веков она встречается среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Сегодня фамилия остаётся довольно редкой — её носителей можно встретить в Западной Сибири, в Татарстане и в Башкортостане.