Фамилия Борбуев — редкий случай, где основа почти наверняка не русская, а тюркская или монгольская, а суффикс — стандартный русский «-ев». Такая модель (иноязычное прозвище + русский патронимический суффикс) типична для фамилий, которые складывались в XVI–XIX веках у народов Поволжья, Урала, Сибири и Кавказа при контакте с русским делопроизводством.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского личного имени Борбуй. В тюркских языках «бор» означает «мел, известь» или, в переносном смысле, «белый, седой». «Буй» — распространённый компонент имён со значением «парень, юноша, богатырь». Таким образом, Борбуй могло быть прозвищем светловолосого или седого молодого человека, либо именем-оберегом, данным ребёнку со светлыми волосами в среде, где тёмный цвет волос был нормой. Суффикс «-ев» присоединился по типу «чей сын?» — Борбуев, то есть сын Борбуя.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с калмыцким или бурятским словом «бор» — «серый». В этом случае Борбуй могло быть прозвищем человека, носившего серую одежду или имевшего серые глаза. Однако в монгольских языках «буй» как самостоятельный корень встречается реже, поэтому тюркская этимология выглядит предпочтительнее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — не центральная Россия, а регионы с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также Забайкалье у бурят. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам и инородцам массово присваивали фамилии по отцу. Сословно предки Борбуевых, вероятно, относились к государственным крестьянам или казачьему сословию, но точных данных нет.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна: основа Борбуй- плюс суффикс -ев. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Борбу́ев. Родственные фамилии — Борбуков, Борбаев, Борбунов — встречаются у татар и башкир, но Борбуев стоит особняком из-за редкого компонента «буй».