Фамилия Бордатов — редкий случай, когда прозвище и профессия столкнулись в одной основе, но победило, скорее всего, прозвище. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: Бордат — сын Бордата. А вот с самим словом «бордат» всё не так просто.

Самая вероятная версия ведёт к диалектному глаголу «бордать» — брести, переходить вброд, месить грязь. В северных и сибирских говорах «бордатый» — это тот, кто ходит по болотам, неуклюжий, тяжелый на подъём, либо просто неопрятный, забрызганный грязью человек. Прозвище Бордат могли дать крестьянину, чья работа была связана с мокрыми лугами, или же нерасторопному, грузному мужику. Географически фамилия встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, что косвенно подтверждает именно этот корень — там много речушек и паводковых земель.

Менее убедительная, но возможная версия — от слова «борть» (дупло с дикими пчёлами, бортничество). Тогда Бордатов — потомок бортника, добытчика лесного мёда. Однако в этом случае ожидалась бы форма Бортников или Бортев, а «бордат» звучит как прилагательное от «борть» («бордатый» — имеющий отношение к борти), но словообразование тут натянутое. Словарь Б. Унбегауна не фиксирует такую модель, поэтому версия с бродом и грязью надёжнее.

Встречается и вариант написания Бордатов с ударением на второй слог (БордАтов), но в разговорной речи чаще говорят БордАтов. Фамилия недворянская — её носители, судя по архивным данным XIX века, были государственными крестьянами и мещанами, то есть людьми, чьи предки получили прозвище по внешности или поведению, а не по заслугам.