Фамилия Бордюков образована от прозвища Бордюк. Самая распространённая версия связывает его с украинским словом «борд» — так в портовых городах называли доставку товара на борт судна за счёт продавца. Если это так, то прозвище могло закрепиться за купцом, перевозчиком или владельцем товара, который сам нёс расходы по погрузке. Такая деталь указывает на род занятий и, возможно, на место жительства предка — приморский или приречный торговый город.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: сначала прозвище на -юк (Бордюк), затем притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Бордюка» или «из семьи Бордюка». Суффикс -юк особенно характерен для украинских и южнорусских земель, поэтому географически фамилия, скорее всего, родом с юга России или Украины.

В ономастике существует и другая, менее убедительная гипотеза: связь с диалектным «бордюк» — разновидность бурдюка или мешка. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, выделывающему кожу или торгующему мешками. Однако первая версия — с морской и торговой лексикой — выглядит правдоподобнее, поскольку слово «борд» фиксируется в исторических источниках как термин портовой логистики.

Фамилия Бордюков не относится к числу распространённых. Встречается в основном в южных регионах России и в восточных областях Украины. Сословных данных по этой фамилии мало: она могла принадлежать как мещанам и купцам, так и крестьянам, занимавшимся отхожими промыслами, связанными с речными перевозками.

Таким образом, потомок человека, которого в своё время прозвали Бордюк за его занятие доставкой товаров на борт, со временем получил фамилию Бордюков.