Фамилия Бордюкова — женская форма, а её мужской вариант — Бордюков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Бордюк. Такие именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого.

Корень «борд» не имеет однозначного толкования в русском языке, но может быть связан с диалектными словами. В южнорусских и украинских говорах «бордюг» или «бордюк» — это мех, бурдюк, то есть кожаный мешок для жидкости. Прозвище Бордюк могли дать либо бондарю, делавшему такие мешки, либо полному, «надутому» человеку. Есть и другая версия: в польском языке «bordiuk» означало «бахрома», «оторочка» — такое прозвище мог получить портной или человек, носивший одежду с заметной отделкой.

Фамилия фиксируется в разных регионах. В переписях XIX века Бордюковы встречаются среди крестьян и мещан Курской, Харьковской и Воронежской губерний — территорий, где украинские и южнорусские говоры смешивались. Это подтверждает версию о диалектном происхождении основы.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе Бордюк добавили русский суффикс -ов (в женском роде -ова). Такая схема в XVIII–XIX веках была самой распространённой: она означала «сын Бордюка» или «из семьи Бордюка». Позже фамилия закрепилась за родом и перестала зависеть от прямого родства.

Встречаются однокоренные фамилии: Бордюгов, Бордюженко, Бордюк (без суффикса). Они различаются региональной привязкой: Бордюженко — типично украинская форма, Бордюков — русская или обрусевшая. Если предок носил фамилию Бордюк, то его потомки в разных ветвях рода могли получить разные окончания — в зависимости от того, где жили и как записывались в документах.