Фамилия Бордюков происходит от прозвища Бордюк. Его значение неочевидно, и исследователи предлагают разные объяснения. Наиболее вероятная версия связывает прозвище с украинским словом «борд» — так называли доставку товара на борт судна за счёт продавца. В этом случае Бордюком могли прозвать купца, торговца или судовладельца, который брал на себя расходы по погрузке. Прозвище отражало и род занятий, и, возможно, место жительства предка — в портовом или приречном поселении.

Суффикс -юк характерен для украинской и южнорусской ономастики: он указывал на принадлежность к роду или на определённый признак человека. Позже, при оформлении фамилии по русской модели, к основе Бордюк добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Бордюка» или «из семьи Бордюков». Так прозвище превратилось в наследственную фамилию.

Существует и другая гипотеза — от слова «бордюр» (кайма, окантовка). Но она менее убедительна: прозвище по такому признаку (например, человек с заметной каёмкой на одежде) встречается реже, а связь с торговой терминологией выглядит исторически более весомой.

Фамилия Бордюков — один из примеров того, как бытовое прозвище, закрепившись за одним человеком, переходило к детям и внукам. Окончательно установить точное время и место её возникновения можно только в ходе глубоких генеалогических изысканий.