Фамилия Бордотзи — редкая и с почти прозрачной, но неочевидной для русского уха основой. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычные славянские суффиксы. В фамилии нет типичных русских окончаний -ов, -ин или -ский. Финаль -тзи выдает корни, уходящие в греческий язык, а точнее — в греческую ономастику юга России и Причерноморья.

Основа «Бордот» или «Бордо» восходит к греческому слову «бордос» (βορδός) или диалектному «бордот» — так в понтийских и малоазийских говорах называли мула или лошадь низкорослой породы. Суффикс -тзи (от турецкого -cı/-çı) в греческой среде, особенно у понтийских греков, указывал на профессию: «тот, кто работает с…». Таким образом, Бордотзи — это «муловод», «погонщик мулов» или «торговец лошадьми». Фамилия образована по продуктивной для южнорусских греков модели: корень + показатель занятия.

В Российской империи такие фамилии были характерны для греческих колоний в Приазовье (Мариуполь, Таганрог) и Крыму. После переселения греков из Крыма в 1778 году многие семьи получили фамилии, закреплявшие их ремесло. Встречаются варианты написания: Бордоци, Бордодзи. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — как в греческих фамилиях на -тзи.

Других версий происхождения, заслуживающих внимания, нет. Связь с грузинскими или румынскими корнями маловероятна: в грузинском фамилия оканчивалась бы на -дзе или -швили, а в румынском — на -еску или -у. Фамилия Бордотзи — точный маркер греческого ремесленного прошлого, связанного с транспортом и торговлей на южных границах империи.