Фамилия Бордукоа — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Окончание -оа характерно для румынского и молдавского языков, где оно оформляет женские фамилии (сравните с молдавскими Бордушан, Бордей). Скорее всего, перед нами фамилия молдавского или румынского происхождения, записанная в русской транскрипции. В оригинале она могла звучать как Bărducoa или Bărducan, а финальное -а в русском варианте — это уже влияние славянской среды.

Основа фамилии — бордук. В молдавском и румынском языках слово bărduc означает «бочонок», «кадка» или «небольшая деревянная посудина». Прозвище Бордук могли дать бондарю, изготовителю бочек, либо человеку плотного, «бочкообразного» телосложения. Встречается и диалектное значение bărdui — «тесать топором», что снова отсылает к плотницкому или бондарному ремеслу. Таким образом, предок носителя фамилии Бордукоа был, скорее всего, ремесленником, работавшим с деревом, или получил прозвище по внешности.

Словообразовательная модель проста: основа бордук + суффикс -оа (в румынской традиции -oaia), который в женском роде указывает на принадлежность: Бордукоа буквально значит «жена Бордука» или «из рода Бордуков». В Молдавии и на юго-западе Украины (Черновицкая, Одесская области) такие фамилии на -оа встречаются до сих пор, хотя в России они единичны. Судя по написанию, фамилия могла быть зафиксирована в метрических книгах Бессарабской губернии, где молдавские фамилии нередко русифицировали, меняя окончания.

В отличие от распространённых русских фамилий на -ов, Бордукоа сохраняет балканский след и не имеет отношения к славянским корням. Если искать аналогии, то в польском языке есть слово bordun («басовая струна»), а в украинских говорах — бордюг («мешок»), но фонетика и особенно окончание склоняют к молдавской версии. Спорных версий немного, и они слабы: например, связь с тюркским бордук («подарок») маловероятна, так как ареал фамилии не совпадает с тюркским влиянием. Наиболее правдоподобное объяснение — прозвище по ремеслу, закрепившееся в молдавской среде.