Основой фамилии Бордунов послужило мирское имя Бордун. Фамилия Бордунов восходит к украинскому слову «бордун» - «чистотел». Давая младенцу такое имя, как Бордун, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира. Чистотел же издревле использовали при лечении кожных болезней, нарывов и язв. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бордун, со временем получил фамилию Бордунов.