Фамилия Бордуновы (в документальной форме — Бордунов) образована от личного прозвища или мирского имени Бордун. В основе, скорее всего, лежит украинское слово «бордун» — так называют чистотел. Это растение с древности использовали в народной медицине: соком чистотела сводили бородавки, лечили кожные болезни, нарывы и язвы. Если предка прозвали Бордуном, это могло быть связано либо с его занятием (сбор трав, знахарство), либо с тем, что родители хотели «передать» ребёнку полезные качества растения — живучесть и способность «очищать».

Мирские имена по названиям трав и цветов — не редкость в славянской традиции. Давая младенцу имя Бордун, семья как бы включала его в природный мир, надеясь, что он унаследует силу и пользу растения. Со временем прозвище закрепилось за потомками, и суффикс -ов оформил фамилию: Бордун → Бордунов, то есть «сын Бордуна».

Этот суффикс — самый распространённый в русской фамильной модели, он указывает на принадлежность к роду. Встречаются и однокоренные фамилии: Бордуновский, Бордун (без суффикса), а также украинские варианты на -енко (Бордуненко). Географически фамилия чаще всего фиксируется на юго-западе России и в восточных областях Украины — там, где слово «бордун» было в ходу.

Точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян растянулся до XIX века. Однако ясно, что Бордуновы — один из примеров того, как народная культура и язык сохранили в фамилии память о растении, которое было не просто сорняком, а домашним лекарством.