Фамилия Бордушко ведет начало от прозвища Бордух, и в ее основе лежат два возможных значения, связанных с бытом и родом занятий. Первая и наиболее вероятная версия связывает прозвище со словом «бурдюк» (или его диалектным вариантом «бордюх») — кожаным мешком из цельной шкуры животного, который использовали для хранения вина, кумыса и других жидкостей. Бурдюк делали особым способом: шкуру снимали через шейное отверстие без разрезов, выворачивали шерстью внутрь, а снаружи обрабатывали солью и дегтем. Если предок носил прозвище Бордух, он мог заниматься изготовлением таких мешков или сумок — это так называемое «профессиональное» именование, указывающее на ремесло.

Вторая гипотеза отталкивается от украинского слова «бурдюга», которое означало примитивное казацкое жилье земляночного типа, пещеру или логово. В этом случае прозвище могло отражать место жительства человека (в землянке) или его образ жизни, близкий к кочевому. Обе версии имеют право на существование, но первая — с бурдюком — встречается в ономастике чаще, поскольку связь прозвищ с ремеслом более типична для фамилий такой модели.

Суффикс «-ко» в фамилии Бордушко указывает на украинское или белорусское происхождение. Такие фамилии характерны для западных регионов, что подтверждается архивными записями. В документах белорусского общества «Мемориал» упоминаются поляк Бордушко Иван Карлович, родившийся в 1895 году на хуторе Выходы Плещеницкого района Минского округа, и белорус Бордушко Иван Осипович 1899 года рождения из деревни Амнишево Логойского района Минской области. В Книге памяти Пермской области записан Бордушко Николай Иосифович, родившийся в 1890 году в деревне Литвичи того же Плещеницкого района. Все эти данные связывают фамилию с Минщиной, что делает регион ее вероятной географической родиной.

Таким образом, фамилия Бордушко — это типичное прозвищное именование, скорее всего, от ремесленника, делавшего кожаные мешки, с характерным белорусско-украинским суффиксом. Встречается она преимущественно на территории современной Беларуси, откуда носители могли расходиться по другим областям.