Фамилия Бориссенко прямо указывает на имя предка по мужской линии. Её основа — крестильное имя Борис, а суффикс «-енко» — типичный для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где он означал «сын» или «потомок». Таким образом, Бориссенко — это «сын Бориса». Двойная «с» в корне не ошибка и не опечатка, а результат исторического закрепления на письме: удвоение возникло из-за того, что основа имени оканчивалась на «с», а суффикс начинался с неё же, и со временем обе буквы сохранились, подчеркнув границу между корнем и суффиксом.

Само имя Борис имеет два основных толкования. По одной версии, это усечённая форма древнеславянского двусоставного имени Борислав, которое складывается из слов «борьба» и «слава». По другой, более спорной, имя восходит к болгарскому слову «борец». Какая из версий верна, ономасты окончательно не решили, но обе связывают имя с воинской доблестью и силой. В любом случае, человек, получивший фамилию Бориссенко, был потомком того, кого звали Борисом.

Фамилия эта довольно редкая по сравнению с привычным вариантом «Борисенко» с одной «с». Удвоение согласной могло возникнуть под влиянием книжной или канцелярской традиции, а также как способ сохранить исходное звучание имени в письменной форме. Встречается она преимущественно в тех регионах, где была распространена модель на «-енко»: на Левобережной Украине, в Слобожанщине, а также среди казачьих фамилий юга России. Носитель фамилии Бориссенко мог происходить из среды казачества или крестьянства, где отчества и прозвища активно превращались в родовые имена.