Фамилия Боркоева — женская форма фамилии Боркоев, и разбирать её стоит через исходную мужскую основу. Скорее всего, Боркоев — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ев, образованное от прозвища или имени Боркой. Такая модель типична для русских фамилий, но здесь есть важная деталь: суффикс -ой в основе указывает на южнорусское или украинское происхождение. В северных и центральных областях форму на -ой (Боркой) часто заменяли на -ый (Боркый), но в фамилиях закрепился именно исходный вариант с -ой.

Само прозвище Боркой, вероятно, восходит к глаголу «боркать» или «боркотать» — в диалектах это значит «ворчать, бурчать, говорить невнятно». Так могли прозвать человека с низким, глухим голосом или того, кто постоянно выражал недовольство. В некоторых говорах «боркой» означало и «тот, кто бороздит, роет» — от «бороздить» или «боркать» в значении «копать, рыть». Вторая версия менее вероятна, но не исключена: если предок занимался земляными работами или был пахарем, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий.

В тюркских языках есть похожие корни: «борк» — шапка, головной убор, или «борку» — волк. Однако для русской фамилии Боркоева тюркская версия слабая: суффикс -ев и окончание -ой в основе указывают на славянскую модель, а не на прямое заимствование. Если бы фамилия была тюркской, она скорее приняла бы форму Борков или Боркуев, без перехода в -ой.

Географически фамилия Боркоев (и Боркоева) встречается в южных регионах России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Запорожской области Украины. Это подтверждает версию о южнорусских говорах, где форма на -ой была нормой. Среди носителей фамилии преобладают потомки крестьян и казаков, так как прозвища, связанные с речью или характером, были типичны для простонародья.

В написании фамилии возможен вариант Боркаев, если основа происходит от имени Боркай (уменьшительное от Борис или Борода), но это другая линия. Для Боркоевой исходное прозвище — именно Боркой, с ударением на второй слог: Борко́ев.