Фамилия Бородаенко образована от прозвища Бородай, которое указывало на внешность предка — скорее всего, он носил длинную, окладистую бороду. В Древней Руси борода была не просто деталью облика, а знаком зрелости, мудрости и социального статуса. Прозвище Бородай давали не каждому бородатому, а тому, чья борода особенно выделялась — пышностью, формой или длиной.

Главная особенность фамилии — в суффиксе -енко. Это типичный украинский или южнорусский патронимический суффикс, который буквально означает «маленький» или «сын». То есть Бородаенко — это «сын Бородая». Такая модель фамилий массово закрепилась в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России в XVII–XVIII веках, когда прозвище отца переходило к детям с этим суффиксом и в итоге становилось наследственным.

Позже прозвище Бородай, изначально присоединённое к имени, полностью заменило его в повседневной жизни и документах. Интересно, что фамилия сохранила древнюю полногласную форму корня: -оро- (борода), а не церковнославянское -ра- (брада). Это типично для восточнославянской народной речи.

Встречаются и однокоренные фамилии: Борода, Бородин, Бородавка, Бородай. Но Бородаенко стоит особняком благодаря уменьшительно-патронимическому суффиксу, который сразу указывает на происхождение от конкретного человека по прозвищу Бородай. Если сравнивать с фамилией Бородаенков — она того же корня, но с русским суффиксом -ов, что говорит о более поздней русификации на великорусских территориях.

Точных сведений о сословной принадлежности первых носителей нет, но прозвищные фамилии на -енко чаще всего встречались среди казаков, крестьян и мещан Левобережной Украины. Фамилия не редкая, но и не массовая, что говорит о её локальном бытовании в конкретных родах.