Фамилия Бородатовы — из числа тех, что образованы прямо от внешнего признака: её основа — прозвище Бородатый. В старину на Руси прозвища давали без затей: рыжий — Рыжов, косой — Косов, бородатый — Бородатов. Прозвище цеплялось к человеку, если его борода была заметно гуще, длиннее или пышнее, чем у других. Никакой иронии в этом обычно не было: борода считалась символом мужской зрелости и достоинства, а у славян — ещё и оберегом. Сербы, например, касались монетой бороды, желая, чтобы денег было столько же, сколько волос. Македонцы, продав скотину, чесали монетой бороду с приговором: «Сколько волос в этой бороде, столько пусть будет благополучия и изобилия».

Морфологически фамилия проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Бородатов, то есть сын Бородатого). Модель типична для русских фамилий XV–XVII веков, когда в среде служилых людей и крестьян прозвища на -атый начали закрепляться как родовые имена. Параллельные однокоренные фамилии — Бородин, Бородавкин, Бородкин — образованы от других форм того же корня, но Бородатовы стоят особняком: они прямо наследуют прозвище, а не уменьшительное имя.

О точном месте и времени возникновения фамилии Бородатов говорить сложно — процесс формирования фамилий на Руси был длительным и шёл неравномерно. Однако можно предположить, что фамилия чаще встречалась в северных и центральных губерниях, где борода дольше сохраняла статус обязательного атрибута мужчины (в отличие от южных регионов, где под влиянием казачества брили подбородок). В документах XVII–XVIII веков Бородатовы встречаются среди посадских людей и однодворцев — то есть не знатного, но свободного сословия.

В отличие от многих «бородатых» фамилий, у Бородатовых есть редкая особенность: ударение в ней плавающее. В одних семьях говорят Борода́товы (от «борода́тый»), в других — Бородато́вы (от прозвища Борода́тый с перетяжкой ударения на суффикс). Оба варианта исторически допустимы, и это не ошибка, а следствие живой народной традиции произношения.