Фамилия Бородавин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а болезнь. Исходное слово — «бородавка». В старину бородавки, как и родимые пятна, часто становились основой для прозвищ: человека могли назвать Бородавкой по бросающейся в глаза примете. Прозвище было не обидным, а описательным — так на деревенской улице отличали одного мужика от другого.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: прозвище Бородавка → Бородавин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Бородавки». По этой же схеме сложились фамилии Бородавицын, Бородавкин, Бородавочкин — все они однокоренные, но Бородавин встречается реже других. В говорах слово «бородавка» могло иметь и переносное значение: так называли низкорослого, коренастого человека, похожего на нарост. Версия с растением (бородавник, чистотел) менее вероятна — прозвища от названий трав в русской ономастике единичны.

С географией у фамилии чёткая привязка. По данным переписей и архивов, Бородавины исторически сконцентрированы в северных и центральных областях России: Вологодская, Архангельская, Костромская, Ярославская губернии. В южных регионах и в Сибири фамилия встречается значительно реже. Среди носителей не было известных дворянских родов — фамилия оставалась крестьянской и мещанской, что типично для прозвищ, образованных от внешних признаков.

В написании стоит обратить внимание на одно «н». В отличие от фамилий, производных от притяжательных прилагательных (Бородавин от Бородавин сын), здесь суффикс одинарный. Вариант Бородавинн (с двумя «н») — ошибка, возникшая под влиянием фамилий на -инн, которые встречаются, но крайне редки.