Оно ведет свое начало от нарицательного «бородавка» - «небольшой круглый нарост на коже». Возможно, такое прозвище получил тот, кто страдал этой болезнью. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Бородавкой. В «Ономастиконе» Веселовского записаны: князь Федор Федорович Бородавка Мещерский, 1550 г.; Василий и Дементий Бородавкины, конец XV в., Новгород.