Фамилия Бородавкина — это типичная русская фамилия, образованная от прозвища Бородавка. В основе лежит нарицательное слово «бородавка» — небольшой круглый нарост на коже. На первый взгляд, прозвище мог получить человек, страдающий этой кожной болезнью. Однако в народной традиции такие «некрасивые» имена часто выполняли роль оберега. Родители намеренно называли сына Бородавкой, чтобы отвести от него злые силы: пусть имя будет плохим, зато ребёнок вырастет здоровым и красивым. Эта охранительная функция — ключевая в объяснении происхождения прозвища.

Исторические источники подтверждают древность этого прозвания. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются реальные люди: князь Федор Федорович Бородавка Мещерский (1550 год), а также Василий и Дементий Бородавкины, жившие в конце XV века в Новгороде. Эти записи показывают, что прозвище бытовало не только среди простых крестьян, но и в среде служилого дворянства — у князей Мещерских.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Бородавкина — это «дочь» или «жена» Бородавки. В русской традиции фамилии на -ин/-ын чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я. Таким образом, фамилия Бородавкина означает «принадлежащая к роду Бородавки». Сейчас это женская форма фамилии, мужской вариант — Бородавкин.