Фамилия Бородавкин образована от прозвища Бородавка. Основа здесь — нарицательное «бородавка», то есть небольшой круглый нарост на коже. Прямое значение прозвища кажется очевидным: его мог получить человек, страдающий этой кожной болезнью. Однако в народной культуре всё было сложнее. Скорее всего, прозвище Бородавка выполняло охранительную функцию — служило оберегом. Родители, надеясь вырастить красивого и здорового сына, нарочно давали ему «плохое» имя, чтобы отвести сглаз и злые силы. Так что за неблагозвучным прозвищем часто стояла родительская забота, а не реальный недостаток внешности.

Суффикс -ин указывает на стандартную модель образования русских фамилий: «чей?» — «Бородавкин», то есть сын или потомок Бородавки. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксированы ранние носители: князь Федор Федорович Бородавка Мещерский (1550 год), а также Василий и Дементий Бородавкины, упомянутые в новгородских записях конца XV века. Эти данные показывают, что прозвище бытовало в среде служилых людей и в новгородских землях.

Фамилия Бородавкин — не единственная в этом ряду. Однокоренные Бородавки и Бородавкины встречаются в разных регионах, но единичные упоминания в древних документах говорят о том, что фамилия не была массовой. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на столетия. Тем не менее, за этим бытовым, на первый взгляд, прозвищем стоит пласт народных верований и семейных оберегов — живой памятник славянской культуры.