Фамилия Бороненков — это отчество второго порядка. Проще говоря, Бороненков означает «сын Бороненко» и, соответственно, «внук Бороны». Такая трёхступенчатая модель (прозвище → отчество сына → отчество внука) типична для восточнославянских фамилий, особенно тех, что оформились на украинских землях, а затем были русифицированы.

В основе лежит слово «борона» — земледельческое орудие для выравнивания пашни и заделки семян. Прозвище Борона могли дать либо крестьянину, постоянно работавшему с этим инструментом, либо ремесленнику, который делал бороны. Но есть и другие версии, уводящие от сельского хозяйства в сторону характера.

Глагол «боронить» в русских говорах имел несколько значений. Первое — «оборонять, защищать»: тогда Бороной могли прозвать сильного человека, заступника. Второе, противоположное — «борониться» в смысле «опасаться, сторониться», то есть прозвище могло закрепиться за боязливым человеком. Третье значение — «делать наперекор, перечить»: здесь Борона — упрямец, несговорчивый спорщик.

С точки зрения словообразования, суффикс -енк- (Бороненко) типичен для украинских фамилий, а добавленный к нему русский суффикс -ов превратил Бороненко в Бороненкова — так фамилия адаптировалась в великорусской среде. Именно поэтому фамилия чаще встречается в областях, граничащих с Украиной, или в регионах, куда переселялись выходцы с юга.