Фамилия Боронис — редкая, и её происхождение неочевидно. Главная трудность в том, что она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия балтийского или польского корня, что подтверждается характерным окончанием -ис, типичным для литовских фамилий (сравните: Баранаускас, Раманаускас, но в «обрусевшей» форме — Боронис). В Литве и Латвии такие фамилии часто образовывались от прозвищ или названий профессий.

Если отталкиваться от основы «боро-», напрашивается связь с глаголом «бороться» или существительным «боронь» (в древнерусском — борьба, битва). Однако более правдоподобна версия, что в основе лежит литовское «bara» (ссора, упрёк) или «baronas» (барон, дворянин). В таком случае Боронис могло означать «сын сварливого человека» или, что менее вероятно, «сын барона» — прозвище, данное крестьянину, который вёл себя гордо или носил барскую одежду.

В польском языке существует слово «boron» (защита, оборона), и фамилия Боронис могла возникнуть как вариант фамилии Боронь или Бороньский, но с литовским суффиксом. Географически фамилия чаще всего встречается в Литве, а также среди потомков литовцев и поляков, переселившихся в Сибирь и на Дальний Восток в XIX–XX веках. В России её носители сосредоточены в Калининградской области и крупных городах, куда мигрировало население из Прибалтики.

Версия о происхождении от слова «борона» (сельскохозяйственное орудие) маловероятна: для этого фамилия должна была бы звучать как Боронин или Боронов. Таким образом, Боронис — скорее всего, литовская или польско-литовская фамилия, образованная от прозвища, связанного с характером или социальным положением предка.