Фамилия Бортние образована от прозвища Бортной. В его основе лежит слово «бортень» — пустой улей, колода или долбленка, которую подвязывали к дереву, чтобы приманить диких пчёл или перехватить улетающий рой. Прозвище напрямую указывало на занятие предка: бортничество, то есть лесное пчеловодство. В средней полосе России, особенно в бассейне Оки, этот промысел был известен ещё в первом тысячелетии до нашей эры и долгое время оставался одним из главных наряду с земледелием и охотой.

Фамилия закрепилась по модели, типичной для славянских языков: прозвище Бортной (отвечающее на вопрос «какой?») перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Форма Бортние — это вариант множественного числа, характерный для украинской или южнорусской традиции, где фамилии на -ий/-ый склоняются по образцу прилагательных, а во множественном числе указывают на род в целом («Бортные»). Такая модель встречается реже, чем патронимические суффиксы -ов или -ин, что делает фамилию Бортние более редкой по способу образования.

В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, фамилии, образованные от названий профессий без дополнительных суффиксов, считаются древними, часто восходящими к эпохе, когда прозвище ещё не стало наследственным. Бортничество как занятие могло передаваться внутри семьи, поэтому прозвище Бортной легко закреплялось за целым родом. Точное время и место возникновения фамилии Бортние требует отдельных генеалогических изысканий, но её основа — одно из самых старых славянских промысловых имён, сохранившее память о лесных пасеках и ремесле, почти забытом сегодня.