Фамилия Бортожинов — редкий случай, когда основа слова не даёт однозначного толкования, а суффикс указывает на географию. Фамилия образована с помощью типичного для степных народов патронимического суффикса -ов, который присоединяется к имени или прозвищу Бортожин. Сама основа «Бортожин» выглядит как притяжательное прилагательное, указывающее на принадлежность к некоему Бортожу.

Вероятнее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Бортожо (Бортож). В тюркских языках, особенно в бурятском и монгольском, встречается слово «борто» — «серый» или «сивый» (о масти лошади). «Бортожо» могло означать «сероватый» или быть прозвищем человека с сединой или светлыми волосами. Другая версия отсылает к монгольскому «бор» — «круглый, цельный» и «тож» — «подобный», что могло дать прозвище «круглолицый» или «полный». Третья, менее вероятная, связывает фамилию с бурятским «борто» в значении «мелкий, короткий» — возможно, для невысокого человека.

Суффикс -ов в фамилии Бортожинов не русский по происхождению, а калькирует тюркскую или монгольскую модель образования фамилий от отчества. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде, где русская администрация фиксировала имена по шаблону «чей?» — то есть в Забайкалье, Бурятии или среди калмыков. Носители фамилии — потомки кочевых скотоводов, охотников или воинов, чьё родовое прозвище со временем стало официальной фамилией. Встречается она преимущественно в Бурятии и Забайкальском крае, изредка — у калмыков, что подтверждает её центральноазиатские корни.

Иных версий, например, связи с русским словом «борт» или «бортник» (пчеловод), нет: фонетически и семантически они несостоятельны. Фамилия Бортожинов — один из примеров того, как степное имя, пройдя через канцелярию Российской империи, превратилось в устойчивый родовой знак.