Фамилия Боталин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от глагола «ботать» и его производных. В русских говорах «ботало» — это палка с привязанным колокольчиком, которую вешали на шею корове, или же приспособление для шума на рыбалке (так называемый «бот» — колотушка, которой бьют по воде, загоняя рыбу в сети). Соответственно, «Ботало» или «Ботала» — прозвище шумного человека, того, кто «ботает» (громко говорит, стучит, суетится) либо пастуха, который ходил с боталом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Боталин» — сын Боталы. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин активно вытесняли более южные -ов. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иван → Иванов), здесь основа — чисто бытовое прозвище, связанное с занятием или характером.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «ботать» в значении «болтать, пустословить». В этом случае прозвище давали говорливому, несерьёзному человеку. Однако «ботало» как орудие труда встречается в словарях чаще, поэтому версия с пастухом или рыбаком выглядит убедительнее.

Фамилия не относится к числу распространённых. Встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и на Урале — регионах, где сохранилась северорусская традиция образования фамилий на -ин и где была развита речная рыбная ловля с использованием ботал. Дворянских родов с такой фамилией нет, как нет и известных исторических деятелей — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде простых людей, чьё прозвище закрепилось в документах XVII–XVIII веков.