Фамилия Ботишев образована по обычной русской модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Ботыш, и здесь мы сталкиваемся с редким и неочевидным корнем.

Самая прямая версия связывает Ботыша с диалектным словом «боты» — так в некоторых русских говорах называли грубую обувь, калоши или бродни. В этом случае прозвище Ботыш мог получить либо человек, который шил такую обувь (сапожник, башмачник), либо тот, кто постоянно носил боты, ходил в них, что в крестьянской среде было нехарактерно и могло стать приметной чертой. Прозвища по обуви встречаются нечасто, что делает эту фамилию относительно редкой по словообразовательному типу.

Менее вероятна, но допустима связь с диалектным глаголом «ботать» — стучать, бить, а также говорить резко, бойко. В таком случае Ботыш — человек бойкий, говорливый или, наоборот, тот, кто стучит, работает с шумом (например, бондарь или лесоруб). Но эта версия слабее, потому что суффикс -ыш в прозвищах чаще указывает на предметный признак, а не на действие.

В редких случаях фамилия может иметь тюркские корни: в татарском и башкирском языках слово «ботыш» означает «подарок», «подношение». Если предок был крещёным татарином или башкиром, то Ботыш могло быть личным именем-пожеланием, которое затем русифицировали с помощью суффикса -ев. Однако для центральной России эта версия менее характерна.

Географически фамилия Ботишев встречается преимущественно в Поволжье и некоторых областях Центральной России, но не является массовой. Сословного барьера у неё не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, но в дворянских родословных книгах она не фиксируется. Потомкам стоит искать корни в среде ремесленников, связанных с кожевенным или обувным делом, либо в диалектной лексике родного региона.