Фамилия Бойченко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко. В XVII–XVIII веках суффикс -енко в украинских землях означал «сын» или «потомок», причём со временем он утратил буквальное значение и стал просто фамильным показателем. Так Бойченко — это буквально «сын Бойца».

Основа фамилии — прозвище Боец. В древнерусском языке «боец» означало прежде всего воина, участника сражений. Однако у слова были и мирные значения: в архангельских говорах бойцом или бойником называли забойщика, который бьёт рыбу острогой. Поэтому предок мог быть как ратником, так и рыбаком — оба занятия давали одинаковое прозвище.

Интересно, что прозвище Боец нередко становилось полноценным именем, вытесняя крестильное. В документах XVI–XVII веков встречаются люди, записанные просто как Боец, без второго имени — это говорит о сильной прозвищной традиции в среде казачества и крестьянства.

Фамилия Бойченко распространена прежде всего на Украине и в южных областях России, куда она попала с переселенцами из Малороссии. Встречаются и варианты написания — Бойченков, Бойченко, но форма на -енко остаётся основной.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бойченко стоит в одном ряду с Бойцовым (русский вариант с суффиксом -ов) и Бойко (сокращённая форма без патронимического суффикса). Все они восходят к одному корню, но различаются по географии и времени образования: Бойченко — поздняя украинская форма, закрепившаяся не ранее XVIII века.