По одной из версий, фамилия Бойкис образована от прозвища Бойкий, которое, в свою очередь, восходит к аналогичному прилагательному. Даля оно трактуется как «смелый, ловкий, проворный, находчивый, сметливый, расторопный». Таким образом, это прозвище отражало особенности характера предка. Согласно другой гипотезе, прозвище ведет свое начало от существительного «бой», то есть «битва, сражение». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище относилось к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка: вероятно, основатель рода Бойкис был воином. Возможно, в основе этой фамилии лежит имя Бойко — это краткая форма болгарского мужского имени Боил. Оно происходит от общеславянской основы «бой» (от существительного «бой» либо от глагола «бояться»). В первом случае имя Боил можно перевести как «боевой, удалой», во втором Боил – «пожелательное» имя: «пусть будут его бояться», то есть «пусть он будет смелым и сильным». Наконец, существовало и германское имя Бойк, предположительно, образованное от слова со значением «мальчик», «юноша».