Фамилия Бойняшов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а слово, которое в современном русском языке звучит неожиданно. Разговор о ней стоит начать с корня «бойн-». В русских говорах и в исторических документах «бойня» означала не только место убоя скота, но и драку, побоище, а также — в переносном смысле — бойкого, задиристого человека. Прозвище Бойня могли дать человеку с крутым нравом, участливому в драках или, наоборот, тому, кто работал на бойне и получил прозвище по ремеслу. Второй вариант менее вероятен для крестьянской среды: бойня как место работы была скорее городским явлением, а прозвища по характеру давали повсеместно.

Суффикс -яш- в фамилии Бойняшов — нестандартный. Обычно от прозвища Бойня образовали бы фамилию Бойнин (по модели «отца — Бойни, сын — Бойнин»). Появление -яш- указывает на то, что фамилия формировалась не напрямую от Бойня, а от уменьшительно-ласкательной или уничижительной формы Бойняш. Такие формы с суффиксом -яш- (сравните: Ваня — Ваняш, Петя — Петяш) характерны для северо-западных русских говоров и для белорусского влияния. То есть Бойняш — это «маленький Бойня» или «Бойня, которого мы зовём ласково/пренебрежительно». Фамилия Бойняшов, таким образом, означает «сын Бойняша» или «потомок того, кого звали Бойняш».

Географически фамилия тяготеет к зоне смешения русских и белорусских говоров. В переписях XIX века Бойняшовы встречаются преимущественно в Могилёвской и Смоленской губерниях. Это не дворянский род и не купеческая династия: суффикс -ов и отсутствие в истории фамилии в «Бархатной книге» или гербовниках указывают на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки Бойняшовых — государственные или помещичьи крестьяне, получившие фамилию по уличному прозвищу после реформы 1861 года.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Её носители живут в основном в центральных и западных областях. Любопытно, что при записи фамилии в советских паспортах иногда возникала путаница: писали Бойняшов или Бойняшев? Вариант с -ов закрепился как стандартный, но в старых метрических книгах можно встретить обе формы.