Фамилия Божакина звучит как женская форма, но её основа, мужская фамилия Божакин, интересна необычным суффиксом. В русских фамилиях редко встречается сочетание -ак-ин, и это сразу указывает на нерусское происхождение корня или на позднее образование по аналогии. Скорее всего, в основе лежит прозвище Божак, которое могло образоваться от слова «божий» или от диалектного «божатко» — так в некоторых говорах называли крестного отца, восприемника. Если так, то Божакин — буквально «чей-то крестный», то есть фамилия указывала на родство по духовной линии, а не по крови.

Есть и другая версия: Божак — это вариант имени Богдан (Богом данный) в сокращенной, народной форме. В украинских и белорусских землях такие усеченные имена давали часто, и фамилии на -ак там обычны. Суффикс -ин в русском варианте присоединили уже при адаптации: Божак + ин = Божакин, то есть «сын Божака». В этом случае фамилия могла бытовать в южнорусских или западнорусских регионах, где пересекались языковые традиции.

Третий, менее вероятный вариант — от слова «божак» в значении «путь, дорога» (из польского droga — дорога, но с изменением корня). Однако это натяжка: в русских говорах такое значение не зафиксировано, и фамилия тогда писалась бы иначе. Самая правдоподобная версия — именно прозвище по отношению к крестному отцу или по имени Богдан. Фамилия редкая, в современных справочниках почти не упоминается, и её носители, вероятно, происходят из одной локальной группы, где такое прозвище закрепилось за родом.