Фамилия Божьева — это притяжательное прилагательное, образованное от прозвища Божий. Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын (или потомок) Божьего». В русской ономастике такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -ий, -ой. Скорее всего, прозвище Божий получил не просто набожный человек, а мирянин, который жил строго по заповедям, возможно, даже вёл отшельнический или аскетический образ жизни. В народной среде так могли назвать того, кто часто ходил в церковь, помогал бедным или отличался кротостью и смирением. Со временем прозвище закрепилось за детьми и внуками, и фамилия стала наследственной.

Обратим внимание на редкую особенность: фамилия Божьева (женская форма) и Божьев (мужская) встречаются нечасто. По сравнению с однокоренными Божков или Боженов, эта фамилия сохраняет прямую связь с корнем «Бог» без уменьшительных или вторичных суффиксов. Это может говорить о том, что прозвище дали взрослому человеку, а не ребёнку, и оно сразу закрепилось в документах. Встречается фамилия преимущественно на юге России и в Поволжье, где были сильны старообрядческие общины — именно там прозвище Божий могло быть особенно уважительным и распространённым. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от имени Божей (уменьшительное от Богдан или Боголеп), но тогда фамилия звучала бы как Божеев, а не Божьев. Поэтому версия с прозвищем остаётся основной.