Фамилия Божинов образована от прозвища или нецерковного имени Божин. В основе лежит древнерусский глагол «божиться», то есть «молиться», «клясться именем Бога». Скорее всего, Божином называли человека набожного, благочестивого, того, кто часто поминал Бога в речи или отличался религиозным рвением. Это прозвище закрепилось за родоначальником, а его потомки со временем стали носить фамилию Божиновы.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе Божин-, указывая на принадлежность («чей?» — сын Божина). Интересно, что имя Божин могло быть и самостоятельным славянским личным именем, образованным от корня «бог» с уменьшительным суффиксом -ин. Такие имена не были редкостью в дохристианской и раннехристианской Руси — их давали как пожелание божественного покровительства. В этом случае фамилия означала бы не «сын того, кто божится», а «сын Божина» (как от полного имени).

В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) фамилии на -ин от основ, оканчивающихся на согласный, считаются более архаичными, чем на -ов, но в данном случае перед нами типичный «овский» вариант. Географически фамилия встречается преимущественно в южнославянских регионах (Болгария, Сербия), что может указывать на болгарские или сербские корни носителей в России: в болгарском языке суффикс -ов также продуктивен, а имя Божин там распространено. В русской среде фамилия редкая, и её носители, вероятно, связаны с переселенцами из балканских земель или с южнорусскими областями, где сильны церковные традиции. Таким образом, прозвище Божин — это характеристика человека по его отношению к вере, и фамилия Божинов прочно связывает потомка с этим качеством предка.