Фамилия Божин — нечастая, но с ясной морфологией. Суффикс -ин указывает на модель образования от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я. В данном случае основа — Божа. Это краткая форма одного из крестильных имён с корнем «бог»: Богдан (Богом данный), Божко, Божедар. В народной речи такие имена часто сокращали до Божа, а потом закрепляли как фамилию: Божин — «сын Божи» или «потомок Божи». В XIX веке фамилия встречалась преимущественно в южнорусских и украинских губерниях, особенно в Черниговской, Полтавской и Курской, что подтверждает её происхождение из западнорусской ономастической традиции, где суффикс -ин активно присоединяли к основам на гласный.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «божий» в значении «блаженный», «юродивый» или «божий человек». В говорах божей могли называть нищего, странника, которого считали находящимся под покровительством Бога. Прозвище Божа в этом смысле могло закрепиться за человеком кроткого нрава или, наоборот, с необычным поведением. Однако вторая версия слабее: в официальных документах фамилия Божин фиксируется именно как патроним от имени Богдан, а не от нарицательного прозвища.

Ударение в фамилии обычно падает на первый слог — Бо́жин, что тоже сближает её с производными от Богдана (ср. Бо́жко). В старых метрических книгах можно встретить варианты написания: Божин, Божинов, Боженко — это однокоренные фамилии, различающиеся суффиксами, но восходящие к тому же имени. В современной России Божины живут в основном в Белгородской, Воронежской и Ростовской областях, что географически совпадает с исторической зоной расселения украинских и южнорусских крестьян.