Фамилия Братахин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Основа здесь — «Братах» или «Братаха». Это не имя, а прозвище, которое в старину давали человеку, отличавшемуся братским, дружелюбным характером, либо тому, кто был близок с братьями, часто упоминался вместе с ними. В диалектах «братаха» — ласковое обращение к брату или товарищу, почти синоним «братан».

Вторая, менее очевидная, версия связывает прозвище с глаголом «брататься» — входить в побратимство, становиться названым братом. В XV–XVII веках такие прозвища фиксировались у крестьян и посадских людей, а фамилия Братахин могла закрепиться за человеком, который первым в роду заключил побратимский союз или слыл «братом» для многих односельчан.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин часто возникали от прозвищ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), Братахин — продукт именно этой живой разговорной традиции. Встречается она преимущественно в Курской, Орловской, Тамбовской областях, реже — на Урале, куда переселенцы принесли прозвище в XVIII веке.

Интересно, что у фамилии нет прямой связи с именем Брат (хотя такое имя встречалось в древнерусских источниках как охранительное, «от сглаза»). Скорее, это бытовое прозвище, которое сохранило тепло родственных отношений в самом корне. В дореволюционных метрических книгах Братахины записаны в основном как крестьяне и мещане, среди дворянства фамилия не встречается.