Фамилия Брацунова — женская форма фамилии Брацунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Брацун. Его происхождение напрямую связано с белорусским словом «брацейка», что значит «братец», «двоюродный брат» или «сводный брат». В более широком смысле так могли назвать не столько родственника, сколько «друга» или «товарища». Поэтому логично предположить, что прозвище Брацун дали человеку доброму, отзывчивому или верному — тому, кто вёл себя как брат для окружающих.

По другой версии, в основе может лежать не столько родственная связь, сколько характер. В белорусских и украинских говорах слова с корнем «брат» нередко использовались для обращения к близкому человеку, а прозвища такого типа закреплялись за теми, кто отличался особым дружелюбием или верностью. Модель образования фамилии проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность — «сын Брацуна», «из семьи Брацуна». Со временем прозвище, ставшее привычным именованием, перешло в фамилию, и потомки человека по прозвищу Брацун получили фамилию Брацуновы.