Фамилия Братусин — редкий пример, где суффикс -ин присоединился не к отчеству на -а, а к основе, которая сама по себе звучит как уменьшительное имя. Это сразу отличает её от массовых фамилий вроде Иванов или Петров, где всё прозрачно. Здесь же сработала двойная «ласкательная» обработка: сначала имя Брат или Братусь, потом — фамилия.

Основа, скорее всего, не от слова «брат» в прямом родственном значении, а от старинного русского прозвища или некалендарного имени Брат. В древнерусской антропонимии такие имена были распространены: Брат, Братило, Братуша. Ими называли не обязательно родного брата, а товарища, соратника, члена общины или просто желанного ребёнка — «брата» в переносном, ласковом смысле. Суффикс -ус- (как в Братусь, Братуся) — характерная южнорусская, украинская или белорусская уменьшительная форма, вроде Ванюся, Петруся. Таким образом, Братусин — это «чей?» — сын или потомок Братуся, то есть человека, которого в быту звали ласково Братусь.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и к Украине. Встречается она нечасто, в основном в единичных записях по Курской, Белгородской, Воронежской губерниям. Это косвенно подтверждает версию о южнорусской или малороссийской основе: именно там были живы формы с суффиксом -ус-.

Словообразовательная модель проста, но неочевидна. Если бы фамилия образовалась напрямую от «брат», мы бы получили Братов или Братцев. Суффикс -ин в сочетании с основой на -ус- однозначно указывает на прозвище, а не на прямое родство. Носитель фамилии Братусин — потомок человека, которого в своём кругу называли Братусь, то есть «братишка», «дружок». Никакой связи с «братом» как монахом или членом братства здесь нет — это бытовая, семейная или соседская кличка.

Версия о происхождении от крестильного имени Варфоломей (в народной форме Братоломей) маловероятна: слишком сложная цепочка сокращений, и нет подтверждений в источниках. Правдоподобнее остановиться на прямом прозвищном происхождении: Братусь — Братусин.