Фамилия Братыненко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В ономастике суффикс -енко традиционно связывают с Поднепровьем и Левобережной Украиной, где он в XVI–XVII веках оформлял патронимы: Братыненко буквально означает «сын Братыни» или «потомок Братыни». Основа фамилии — неканоническое имя или прозвище Братыня.

Что скрывается за этим прозвищем? В украинских и южнорусских говорах слово «брати» (с ударением на «и») могло означать «брат», но с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ыня. Более вероятно, что Братыня — форма от «брат» с оттенком «братик», «братец». Прозвище могли дать человеку, который был особенно близок с братьями, или же младшему в большой семье, которого так называли родственники. Встречается и трактовка Братыни как производного от имени Братонег — славянского двусоставного имени (корни «брат» + «нега»), но это предположение слабее: форма Братыня скорее народная, уменьшительная, чем остаток сложного имени.

Фамилия Братыненко не относится к числу распространённых. Её география тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Сумщине. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались преимущественно среди казаков и крестьян. Суффикс -енко в украинской традиции долго не был закреплён за конкретным сословием, поэтому Братыненко — фамилия демократичная: её мог получить и реестровый казак, и мещанин, и крестьянин. В русском написании фамилия почти не встречала вариаций — Братыненко и есть, без переделки на -ов, что указывает на позднюю фиксацию в документах уже после закрепления фамильной нормы.

Среди однокоренных фамилий — Братенко, Братынский, Братов. Братыненко отличается от них именно суффиксом -ыня в основе: это более архаичная форма, указывающая на личное, почти домашнее прозвище предка. Если Братенко — «сын Брата», то Братыненко — «сын Братыни», то есть прозвище было более индивидуальным, возможно, с оттенком ласки или иронии.