Фамилия Брухова — женская форма фамилии Брухов. В основе, скорее всего, лежит нецерковное прозвище или мирское имя Брух. В русских говорах слово «брух» имело несколько значений: так могли называть человека с плохим, «брухлявым» (то есть гнилым, ненадёжным) характером, либо, напротив, прозвище могло относиться к неопрятному, неряшливому человеку — «брухатый» в некоторых диалектах означало «грязный, замаранный». Впрочем, есть и более нейтральная версия: «брух» — это вариант слова «брюх» (живот), и прозвище Брух мог получить полный, брюхатый человек.

Модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Бруха). Фамилия Брухов (и Брухова) встречается в документах с XVII века, преимущественно среди крестьян и посадских людей. Например, в переписных книгах Вологодского уезда упоминаются крестьяне с таким прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецкой фамилией Bruch (от немецкого Bruch — «болото, топь»). В этом случае Бруховы могли быть обрусевшими потомками немецких колонистов или специалистов, приглашённых в Россию. Однако для фамилии Брухова, особенно если носители — из центральной России, славянская диалектная основа выглядит убедительнее.

В современном употреблении фамилия редкая, не имеет отношения к дворянским родам или известным династиям — это «фамилия-прозвище», которая закрепилась за конкретной семьёй по характерной черте или внешности предка.