Фамилия Буданин по своему строению — типичная «фамилия-отчество», образованная по модели «чей?»: Буданя + суффикс -ин. В русской ономастике суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я и указывает на принадлежность: Буданин — сын Будани, потомок человека по прозвищу или имени Буданя.

Самая вероятная основа — прозвище Буданя, которое восходит к диалектному глаголу «буда́ть» (или «бу́дать»). В южнорусских и украинских говорах это слово означает «бодать», «толкать рогами», а в переносном смысле — «упрямиться», «брыкаться». Буданей могли назвать упрямого, строптивого человека, который «лезет в бутылку» или постоянно спорит. Встречается и более безобидное значение — «бодастый», то есть тот, кто любит побороться или подраться. Филолог Борис Унбегаун в своём «Русском словаре фамилий» относит подобные основы к группе прозвищ по чертам характера.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с тюркским именем Будан (от «будан» — «смутьян», «беспокойный») или с географическим названием Будань (например, село в бывшей Орловской губернии). В этом случае фамилия могла указывать на выходца из конкретной местности, но для фамилии с суффиксом -ин такая топонимическая модель встречается реже, чем для -ский.

Стоит обратить внимание на ударение. В фамилии Буданин оно чаще падает на второй слог — Буда́нин, но в некоторых говорах (особенно в южных) его могли смещать на первый: Бу́данин. Это может быть маркером регионального происхождения предков: например, на территории Тамбовской, Воронежской или Ростовской областей.

С точки зрения социального контекста, фамилия Буданин не относится к дворянским или книжным. Она возникла в крестьянской или посадской среде, где прозвища давали по живой черте, а не по родословной. Первые письменные фиксации фамилии можно искать в переписных книгах XVII–XVIII веков по южным уездам России, где активно селились служилые люди и однодворцы.

Таким образом, Буданин — фамилия, прямо говорящая о характере предка: скорее всего, это был человек с крутым нравом, упрямый или драчливый. Никакой тайны в ней нет, но зато есть живая картинка из прошлого.