Фамилия Будеков — один из тех случаев, когда на первый взгляд прозрачная основа таит в себе сразу несколько возможных объяснений. В центре внимания здесь корень «будек-», который в русских говорах и соседних языках может означать совершенно разные вещи.

Самый очевидный и распространённый путь образования — от прозвища или мирского имени Будя, Будко. В старых русских диалектах «будить» означало не только «пробуждать ото сна», но и «побуждать, понукать», «торопить». Человека, который вечно всех торопил, подгонял или был непоседливым, могли прозвать Будя или Будко. Суффикс -ек- в основе — уменьшительная или пренебрежительная форма (ср. Ваня — Ванек, дядя — дядек). Соответственно, Будек — это «маленький Будя» или сын Буди. А фамилия Будеков, по модели -ов, означает «принадлежащий Будеку», то есть потомок человека по прозвищу Будек.

Однако есть и другой, более редкий вариант. В южнорусских и украинских говорах «буда» — это постройка, шалаш, временное жильё, а также место для выгонки смолы или дёгтя («будный стан»). Человека, который жил в такой времянке, сторожил будку или работал на смолокурне, могли прозвать Буда, Будка или Будек. В этом случае фамилия Будеков указывает на род занятий предка: он мог быть смолокуром, лесным сторожем или просто жителем отдалённого хутора-буды.

Третья версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — тюркское происхождение. В казахском и татарском языках «будек» (бүдек) — это «запруда», «плотина» или «мельничная запруда». Если предок нёс фамилию в форме Будеков, это могло быть следствием обрусевшей тюркской фамилии, где -ов добавили к основе Будек, означавшей «сын того, кто живёт у запруды». Эта версия особенно актуальна для Поволжья или Оренбуржья, где часты контакты с тюркскими народами.

С точки зрения географии, фамилия Будеков — не массовая. Она встречается в основном в центральных областях России (Курская, Воронежская, Тульская), а также в Казахстане, что подтверждает обе возможные версии — и южнорусскую (смолокурни), и тюркскую (запруды). В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Таким образом, носитель фамилии Будеков с наибольшей вероятностью ведёт род от энергичного, торопливого человека по прозвищу Будек или от работника на будном стане.