Фамилия Будинина — женская форма, а мужская, Будинин, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Будинин — «сын Будины» или «человек из семьи Будины». Само имя или прозвище Будина, от которого всё пошло, — уменьшительная форма от неканонического имени Будя. В старорусском языке «будя» означало «побуждающий», «будящий», но чаще так называли человека с громким голосом, крикливого или того, кто рано вставал и поднимал других. В некоторых говорах «будить» имело и переносное значение — «торопить», «понукать», так что прозвище могло закрепиться за непоседливым или настойчивым человеком.

Интересно, что фамилия Будинин — не единичный случай. Есть и однокоренные Буданов, Будилов, Будников, но Будинин выделяется редким суффиксальным вариантом. Если Буданов образовано от полного имени Будан, то Будинин — от ласкательной формы на -ина, что типично для северных и центральных говоров. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными переписей XIX века: больше всего Будининых записано в Вятской и Пермской губерниях. Там же, кстати, бытовало и слово «буди́на» — так в некоторых местах называли деревянную колотушку или било, которым созывали народ. Не исключено, что предок-носитель фамилии мог быть сельским бирючом или сторожем, чья работа — будить и оповещать.

Сословный состав фамилии пёстрый. Среди Будининых встречались и государственные крестьяне, и мещане, и даже купцы третьей гильдии, но дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это объяснимо: фамилия произошла от прозвища, а не от крестильного имени, и закрепилась в основном в непривилегированных слоях. Если искать корни, стоит обратить внимание на документы Вятской губернии — именно там фамилия наиболее плотно осела к середине XIX века.