Фамилия Буганин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. В основе лежит личное имя или прозвище Буган, а значение этого слова как раз и определяет, кем мог быть родоначальник.

В русских говорах слово «буган» имеет несколько значений, и самое узнаваемое — «бугор, курган, насыпь». Прозвище Буган могли дать человеку рослому, плотному, с крупной фигурой, либо тому, кто жил на возвышенности. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «степной кустарник» или «заросли бурьяна»; в этом случае прозвище могло указывать на место жительства: человек из глухой, заросшей местности.

Существует и более конкретная версия, связанная с ремёслами. В некоторых областях «буганить» означало «шуметь, буянить» или «громко кричать». Прозвище Буган могли дать задиристому, неспокойному человеку, либо, наоборот, глашатаю или базарному зазывале — тому, кому по роду занятий полагалось говорить громко.

С точки зрения словообразования фамилия Буганин вписывается в ряд однокоренных: Буганов, Бугаев, Бугайчук. Но суффикс -ин чаще встречается в северных и центральных регионах России, в то время как -ов более типичен для юга и Поволжья. Таким образом, предки Буганиных, скорее всего, происходили из северных или среднерусских областей, где фамилии на -ин были особенно распространены.

Связи с украинским или белорусским «бугай» (бык-производитель) в случае фамилии Буганин почти нет — для этого корня характерен суффикс -ев (Бугаев). Поэтому основная версия остаётся прозвищной, с опорой на диалектную лексику северных говоров.