Фамилия Буганина — женская форма фамилии Буганин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Бугана. Основа здесь — слово «бугай», которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего «бугаем» называли быка-производителя, а в переносном смысле — крупного, сильного или упрямого человека. Такое прозвище могли дать за физическую мощь или за тяжелый, неуступчивый характер. Реже «бугаем» в некоторых регионах называли и птицу выпь (за ее громкий, «бычий» крик), что тоже могло стать поводом для прозвища.

Словообразовательная модель проста: от основы «буган» (вариант «бугай» с суффиксом -ан) через притяжательный суффикс -ин образована фамилия, означающая «сын Буганы» или «родственник Бугана». Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность женщине — дочери или жене Буганина. В мужском роде фамилия склоняется как Буганин.

В ономастике фамилии на -ин традиционно считаются северорусскими и поволжскими по происхождению, хотя встречаются повсеместно. В случае с Буганиным стоит обратить внимание на архангельские и вологодские говоры, где слово «бугай» в значении «бык» было особенно употребительно. Встречаются однокоренные фамилии: Бугаев (самая распространенная), Бугай, Бугаенко, Бугайчук (украинские варианты), Буганов. Буганин стоит несколько особняком — с суффиксом -ан, который придавал прозвищу оттенок просторечности или увеличительности (как «здоровяк» вместо «здоровый»).

Поскольку фамилия не принадлежит к числу самых частых, ее носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища, данные по внешним или поведенческим признакам, закреплялись в качестве фамилий в XIX веке, после отмены крепостного права. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно народная, «земная» фамилия, указывающая на конкретного предка по прозвищу.