Фамилия Бугерко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко, который со временем на письме превратился в -ко. В украинской ономастике суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Бугерко — буквально «сын Бугеры» или «маленький Бугера». Основа фамилии — прозвище Бугера, которое требует отдельного разбора.

Корень «буг-» в восточнославянских говорах многозначен. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «буга» — так в некоторых регионах Украины и юга России называли топкое место, болотистую низину или яму с водой. Прозвище Бугера могли дать человеку, жившему у такого болота, либо тому, кто имел привычку ходить по сырым местам. Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с глаголом «бугорить» (говорить невнятно, бормотать), тогда прозвище указывало на манеру речи.

Географически фамилия Бугерко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко исторически доминировал. В России она встречается редко, чаще всего как результат переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках на свободные земли Новороссии и Кубани. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Бугерко не указывает на принадлежность к конкретному роду через отчество отца, а фиксирует прозвище как семейное имя.

Интересно, что прозвище Бугера могло быть ироническим — в некоторых говорах «бугой» называли неуклюжего, медлительного человека. Тогда фамилия отражала не место жительства, а характер или внешность первого носителя. Споров между версиями нет: обе лингвистически обоснованы, но «болотная» версия надёжнее, так как топонимические прозвища в украинской среде встречались чаще, чем характеризующие.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «и» — Бугиренко или Бугирко, что отражает местное произношение. Однако современное написание «Бугерко» закрепилось как стандартное. Сословная принадлежность носителей — почти исключительно крестьянская или казацкая, без следов дворянства.