Фамилия Бугорковы образована от прозвища Бугорок. В основе — слово «бугор», то есть небольшое отлогое возвышение, холм. Уменьшительный суффикс -ок придаёт прозвищу бытовой, почти ласкательный оттенок: так могли назвать человека, который жил на холме или рядом с ним, либо выходца из такой местности. В центральных областях России, где рельеф изобилует возвышенностями и оврагами, подобные прозвища были особенно употребительны.

Фамилия закрепилась по стандартной восточнославянской модели: к основе Бугорок прибавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — Бугорков, то есть сын или потомок Бугорка). Такая схема в XV–XVII веках стала основной для русского крестьянства и посадских людей, вытесняя более древние бессуффиксные именования. Поэтому Бугорковы — фамилия не аристократическая, а скорее земская, народная.

Интересно, что однокоренная фамилия Бугров известна в купеческой среде: Николай Бугров (1837–1911), нижегородский промышленник и меценат, строил на свои деньги здание Городской думы, приюты и школы. Однако Бугорковы и Бугровы — не одно и то же: разные суффиксы указывают на разные исходные прозвища, хотя корень один. Бугорок — уменьшительная форма, а Бугров могло произойти напрямую от «бугор» без уменьшения.

Встречается фамилия и в вариантах с ударением: Бугорко́вы или Бу́горковы — это зависит от местной диалектной традиции. В некоторых говорах «бугор» произносили с переносом ударения на первый слог, что отразилось на фамильном произношении. Точное время возникновения фамилии назвать сложно: письменные источники фиксируют её не раньше XVII века, но прозвище Бугорок могло бытовать и столетием раньше. Окончательный вывод о происхождении конкретной ветви Бугорковых возможен только после изучения архивных документов той местности, откуда родом семья.